2005年度，国家知名分子医学家许瑞安教授返回闽南故乡，来校任教，受命组建yl7703永利官网分子药物学研究所。2007年带领6名研究生申报“分子药物教育部工程研究中心”，同年10月16日教育部批准立项建设，2010年高水平通过教育部专家组实地验收。经过几年艰苦奋斗，发展成为一个有20多名科研骨干和100多名研究生的朝气蓬勃、爱拼会赢的创新团队。从此，生物医学学科在yl7703永利官网迅猛发展，科研力量、师资队伍迅速增强，在新药开发、人才培养、药理研究、临床治疗等领域都取得了令人瞩目的进展。成功获得了国家“863”专项、国家科技重大专项（新药创制）、国际科技合作项目等一系列国家级项目和一大批国家自然资金以及抗癌一类新药横向大课题，荣获“闽江学者”等荣誉。自此，福建省拥有第一个教育部生物医学研究中心。
在此基础上，又相继获批了“福建省生物医药研究生创新培养基地”、“厦门市海洋与基因工程药物重点实验室”、“厦门市生物医学国际科技合作基地”，yl7703永利官网第一个接受教育部选派的骨干教师培养基地。此外还与伊利诺伊大学签署了建立药学本—硕—博联合培养体系协议，并与牛津大学、宾夕法尼亚大学、芝加哥大学、耶鲁大学、奥克兰大学、新西兰皇家科学研究院等国际著名科研院校建立了密切的学术合作关系，为打造与国际接轨的办学模式奠定了坚实的基础。与此同时，学院已建成了500平方米的GLP病毒载体中试车间与中药中试车间，为学院科研成果的产业化进程做好准备。
分子药物教育部工程研究中心学术定位于面向国际生物医学科技前沿和我国生物医药现代化建设，围绕重大分子生物医药科技问题，开展创新性研究，培养创新性人才，促进学科交叉和学术交流。
从2011年至今，已获批国家、省市课题近10项，获得科研经费近3,000万元。2011年与福建太平洋药业有限公司联合研发国家一类新药TW9183，获得公司420万资助。2013年与福建太平洋药业有限公司联合申报的海洋抗血栓中药制剂研发和产业化项目获得国家海洋局与中央财政部650万元资助。本项目组骨干成员、毕业于上海第二军医大学的王立强主任药师研发的小容量苦参碱注射液及三类新药洛索洛芬钠，现市场销售额均超过1个亿。
